ด้านการเรียนการสอน

คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ มีอาคารหลักคือ "อาคารคุณากร" (รับพระราชทานนามจากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาสยามบรมราชกุมารีฯ) ความสูง 9 ชั้น โดยในปัจจุบันอาคารดังกล่าวเป็นสถานที่ติดต่อราชการ ที่ทำการสถานและสาขาวิชา และห้องประชุมต่าง ๆ ดังนี้

ชั้น 1 : ประชาสัมพันธ์, ลานอเนกประสงค์, สำนักงานคณะกรรมการนักศึกษา คณะแพทยศาสตร์ (กนพ.), ศูนย์หนังสือ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ สาขาคณะแพทยศาสตร์, ร้านถ่ายเอกสาร, สหกรณ์ออมทรัพย์มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ สาขาศูนย์สุขศาสตร์, สมาคมศิษย์เก่าคณะแพทยศาสตร์, ห้องสมุดคณะแพทยศาสตร์ (Self Directed Learning;SDL)

ชั้น 2 : ห้องประชุมแพทย์โดม 1 (ห้องประชุมทางไกลแพทย์โดม), ห้องประชุมแพทย์โดม 2 และ 3, สำนักงานคณบดี, สำนักงานเลขนุการคณะ, พระสาทิสลักษณ์สมเด็จพระมหิตลาธิเบศร์ อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก (ลานพระบิดา)

ชั้น 3 : งานบริการการศึกษา, กลุ่มห้องบรรยาย, ห้องปฏิบัติการสถานวิทยาศาสตร์พรีคลินิก, หน่วยส่งเสริมการวิจัย

ชั้น 4 : สถานวิทยาศาสตร์พรีคลินิก, ห้องประชุมสโมสรคณะแพทยศาสตร์, ห้องเรียนกลุ่มย่อย, ห้องบรรยาย, ชุมนุมและนันทนาการ, สำนักงานสาขาแพทย์แผนไทยประยุกต์

ชั้น 5 : ห้องพักอาจารย์สถานวิทยาศาสตร์พรีคลินิก, ห้องเรียนกลุ่มย่อย

ชั้น 6 และ 7 : ศูนย์การเรียนรู้ด้วยตัวเอง (Self-directed Learning : SDL), งานเทคโนโลยีทางการศึกษา

ชั้น 8 : สถานวิทยาศาสตร์เวชศาสตร์ชุมชนและเวชศาสตร์ครอบครัว

ชั้น 9 : สำนักงานสาขากายวิภาคศาสตร์, ห้องปฏิบัติการจุลกายวิภาคศาสตร์, ห้องปฏิบัติการมหกายวิภาคศาสตร์, ห้องประชุมแพทย์โดมชั้น 9

ในปีการศึกษา 2552 คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ มีนโยบายขยายพื้นที่ทำการของคณะเพื่อรองรับการเรียนการสอนตามหลักสูตรปีพุทธศักราช 2552 ที่มีการขยายจำนวนรับนักศึกษาแพทย์ตั้งแต่ปีการศึกษา 2552 เป็นต้นไป จึงได้มีการต่อเติมอาคารราชสุดา ชั้น 3-8 (โครงการก่อสร้างอาคารราชสุดาในระยะที่ 2) โดยมีการสร้างห้องบรรยายขนาดใหญ่ อีกทั้งยังได้ย้ายสำนักงานสาขากายวิภาคศาสตร์, ห้องปฏิบัติการจุลกายวิภาคศาสตร์ และห้องปฏิบัติการมหกายวิภาคศาสตร์ มายังอาคารราชสุดา เพื่อความคล่องตัวของการจัดการเรียนการสอน

ด้านสวัสดิการ

เนื่องจากจำนวนผู้ที่เข้าพักอาศัยในหอพักแพทย์และพยาบาล โรงพยาบาลธรรมศาสตร์เฉลิมพระเกียรติ มีจำนวนเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว ทำให้ไม่สามารถรองรับนักศึกษาแพทย์ทั้งหมดได้ ในปีการศึกษา 2552 คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ จึงมีโครงการก่อสร้างอาคารหอพักสำหรับนักศึกษาแพทย์โดยเฉพาะ และทั้งนี้ยังมีการสร้างศูนย์กีฬาคณะแพทยศาสตร์ เพื่อให้นักศึกษาแพทย์ได้มีสถานที่สำหรับการสร้างเสริมสุขภาพ ตามลักษณะพึงประสงค์ของบัณฑิตแพทย์ธรรมศาสตร์ ข้อที่ 9 ในหัวข้อ "ดำรงชีวิตอย่างมีคุณภาพ"